Het "autobiografische" verhaal van de achtjarige, orthodox joodse Annaëlle Chimoni is te tragisch om waar te zijn. Niet alleen is zij autistisch en lijdt zij aan een dodelijke zenuwziekte, ook meent zij in de Tweede Wereldoorlog met man en kinderen vermoord te zijn. In een vorig leven, dus.
Annaëlle is zwaar autistisch en hoogbegaafd. Aanvankelijk is de aandacht van haar ouders echter vooral gericht op haar jongere broertje Idan, die aan een mysterieuze ziekte lijdt. Idan sterft als hij drie jaar is. Later openbaart dezelfde dodelijke zenuwziekte zich bij Annaëlle. Juni 2000 overleed zij op tienjarige leeftijd. Vlak voor haar dood heeft zij, met hulp van buitenaf, haar levensverhaal op papier gezet. Het resultaat is het uit het Frans vertaalde Het boek van Annaëlle.
Annaëlle heeft het boek geschreven om haar ouders te troosten. Zij wist dat zij zou sterven. Haar ouders moeten dan leven met het gemis van twee van hun kinderen. Het autistische meisje kon haar verhaal vertellen dankzij een methode waarmee geestelijk gehandicapte en autistische kinderen kunnen communiceren. Deze methode is minder opzienbarend dan zij lijkt: het kind wijst letters aan op een toetsenbord terwijl een verzorger de hand ondersteunt en de bewegingen volgt.
Behalve het verhaal van haar huidige leven, beschrijft Annaëlle in Het boek van Annaëlle ook haar vorige leven. Dat zou zich hebben afgespeeld in Warschau, voor en tijdens de Tweede Wereldoorlog. Annaëlle beschrijft hoe zij gedeporteerd werd en samen met haar kinderen is vergast.
Het boek is verdeeld in zeer korte hoofdstukken. Deze handelen over haar familie of over elementen van het leven die zij belangrijk vindt, zoals liefde, rouw en het jodendom. In deze meer beschouwende passages komt Annaëlles zeer religieuze levensvisie het sterkst tot uiting. Naarmate het einde van het boek nadert, en daarmee het einde van haar leven, neemt het aantal religieuze stukken toe. Ook de hoofdstukken waarin zij haar dagelijks leven en de band met haar familie beschrijft, zijn doordrenkt met religie. Een aantal hoofdstukken wordt afgesloten door een gedicht met bijpassend thema.
Aan het begin van haar boek schrijft Annaëlle: "Mijn handicap bevrijdt mij van lichamelijke belemmeringen, waardoor mijn geest veel vrijer is en in staat wordt gesteld bredere gebieden te omarmen". Ze meent dat ze door haar lichamelijke gebreken, zoals het onvermogen om te spreken, haar geest beter heeft kunnen ontwikkelen. Dit stelt haar in staat om dichter bij God te staan. Annaëlle is niet alleen hoogbegaafd, zij is ook in staat om op een telepathisch niveau te communiceren. Aanvankelijk kan zij dit alleen met haar zielsverwant, haar zieke broertje Idan. Maar nadat hij overleden is, ‘spreekt’ zij ook met andere familieleden op deze manier.
De ouders van Annaëlle komen uit Israël. Zij zijn naar Frankrijk verhuisd omdat de zieke Idan daar betere medische hulp zou kunnen krijgen. Het leven van het gezin Chimoni staat in het teken van de zoektocht naar de genezing van de jongen. Pas wanneer Idan sterft openbaart ook Annaëlles ziekte zich. Vol verdriet gaan haar ouders weer stad en land af om een medicijn te vinden. Het gezin geeft Annaëlle veel warmte. Ze wordt de eerste drie jaar van haar leven voornamelijk verzorgd door haar tante en gaat onder begeleiding naar het kinderdagverblijf. Dit is voor haar de enige mogelijkheid om zich buiten het gezin te begeven. Ze is dol op haar oudere broer Lirone en het hoofdstuk waarin zij zijn bar mitswa beschrijft is zeer ontroerend. Dat is een van de weinige passages waarin zij schrijft over herkenbare menselijke emoties.
Wanneer bekend wordt dat Annaëlle een buitengewoon begaafd kind is, wordt zij door veel mensen geraadpleegd. In het hoofdstuk Gegroet bespreekt zij een aantal mensen die belangrijk voor haar zijn